Нельзя сказать, что Zonda F сильно испытывала недостаток в мощности, ведь ее рекорд на трассе Нюрбургринга составлял 7 минут и 32 секунды, но это дорожный автомобиль, а следовательно, удовлетворяющий нормы комфорта, интуитивный в управлении, безопасный и легкий. Все это сделало модель одной из самых вожделенных на рынке суперкаров; чего только стоят 25 последних купе, распроданных за самое короткое время.

Но автомобиль не удовлетворял только одно требование большинства клиентов, обожающих проводить выходные на гоночном треке, а именно – еще большей скорости. Искру создания более быстрого автомобиля – Pagani Zonda R – «зажег» итало-американский клиент, уже владеющий тремя машинами Zonda.

Главной поставленной целью было создание новой непревзойденной модели, такой же безопасной, как и предыдущая, но бескомпромиссной на гоночной трассе. В сентябре 2006 года были готовы первые рисунки Pagani Zonda R, а также была получена поддержка компании Mercedes-AMG, предоставившей 750-сильный двигатель от модели CLK GTR, доминирующей на чемпионате GT.

В итоге Pagani Zonda R получился почти полностью новым автомобилем. От модели Zonda F осталось не более 10% компонентов. Подвеска, созданная в Avional, новая 6-тискоростная секвентальная КПП, карбоновый кузов и топливный бак сразу с четырьмя бензонасосами – только часть характеристик новинки. Колесная база выросла на 47 мм, а полная длина Pagani Zonda R – на 394 мм по сравнению с предшественником. Кроме этого, для будущих покорителей трасс Нюрбургринга или ЛеМана добавили высококачественную HiFi-аудиосистему.